1991年10月中旬，南联邦人民军同地方武装之间的武装冲突已演变为一场大规模的内战，双方参战人数众多，人员和财产损失巨大。造成这场内战的原因是多方面的，可归纳为几方面：

    第一，历史原因。
 
    斯洛文尼亚和克罗地亚同德国和奥地利有着深远的历史渊源，曾长期受奥匈帝国的统治，一战后，随着奥匈帝国的垮台，与塞尔维亚、黑山等组成南斯拉夫。二战期间，这两地的通敌分子又相继投靠意大利和德国纳粹占领军，特别是克罗地亚成为充当德意帮凶的“克罗地亚独立国”，残害塞尔维亚人、犹太人和吉普赛人(被害人数达20～60万)，这段历史埋下了今天战争的种子。

    第二，社会制度的矛盾。塞尔维亚和黑山坚持原来的社会主义，斯洛文尼亚和克罗地亚等国则主张实行资本主义。

    第三，经济困难加重。表现为生产停滞，劳动生产率下降，赤字连年居高不下，通货膨胀率上升。

    第四，外界的插手。据南斯拉夫和外国报刊报道，德、意、奥、匈一直以走私或公开出售的形式向克罗地亚和斯洛文尼亚提供武器等。1980年，铁托逝世，南斯拉夫国内久已存在的各种矛盾立即暴露出来。首先是民族矛盾激化，1989年，南拉联盟宣布将在南实行多党制，一时各地各种政党纷纷成立，分离倾向加剧，政局更加动荡。1990年1月，南共盟召开第14次非常大会，由于争吵激烈，斯洛文尼亚代表团擅自离开会场，此后南共盟实际上不复存在。这一年四月起，各共和国先后举行自由选举，除塞尔维亚和黑山以外，其他四个共和国政权都落到了民族主义政党手中。1991年6月25日，克罗地亚和斯洛文尼亚同时宣布独立；4个月后，即10月15日和11月20日，波黑和马其顿也宣布独立。然而，多年的统一使民族混居已经成为既成事实，从1991年3月起，克罗地亚境内的克罗地亚人和塞尔维亚人的武装冲突便不断发生。而斯洛文尼亚境内，南人民军和斯洛文尼亚地方武装也发生交火。1991年，克罗地亚境内的武装冲突造成了两万多人的死亡和三万多人的失踪，此外还有五十多万人无家可归，财产损失更是超过700亿美元，南斯拉夫的国民生产水平仅1990年一年就下降了15%。1992年2月，联合国维和部队进驻克罗地亚。1992年1月15日，欧盟继德国和梵蒂冈之后承认克罗地亚和斯洛文尼亚都是一个独立国家，1992年4月17日，塞尔维亚和黑山宣布组成南斯拉夫联盟共和国。原先的南斯拉夫不复存在。不久，波斯尼亚和黑塞哥维那爆发激烈的内战，当地居民克罗地亚人、塞尔维亚人和穆斯林三方为争夺土地争战不休，先是塞尔维亚人控制了70%以上的土地，后来，克罗地亚人和穆斯林结盟，又得到西方国家的支持，逐渐夺回失地。北约不断派飞机对塞尔维亚人阵地进行打击，后来，又压塞尔维亚共和国断绝对波黑塞族的支持，最终迫使塞族就范。1995年11月21日，塞尔维亚、波黑、克罗地亚三国首脑在美国代顿附近的空军基地就全面结束波黑冲突草签了一揽子和平协议。12月4日，在巴黎正式签署了协议。协议规定穆斯林和克罗地亚族组成的穆克联邦控制51%的土地，塞尔维亚族控制49%的土地，首都萨拉热窝市以北、以西和西南部的塞族控制区交出，由穆克联邦管理，保证了首都的完整性。同时，开出两条通道，一条使穆斯林控制区之间保持畅通，另一条使塞族不同的控制区之间的联系得以保证。这样，最终确立了“一个国家、二个实体、三方军队”的波黑国家框架。在前后四年的波黑内战后，有25万多人丧生，200多万人离乡背井，成为难民，经济损失更是无法估量。全国35～40%的道路和桥梁被毁，供电、供水和供热设备也大量遭到破坏。2002年3月，南斯拉夫联盟共和国改名为塞尔维亚和黑山。